Vendo no site da Ryanair, não dá para comprar a viagem Lisboa-Corfu ou Porto-Corfu (não tem indicação do aeroporto de origem).
Comprou 4 voos separados: Lisboa/Porto-Frankfurt + Frankfurt-Corfu + Corfu-Frankfurt + Frankfurt-Lisboa/Porto. Deste modo, terá de sair e voltar a fazer check-in. Se tiver malas, tem de ir buscar e voltar a despachar no check-in. Funcionam como voos separados e não agrupados.
Por exemplo, se comprar na Ryanair Lisboa-Barcelona vai aparecer essa possibilidade com a info em baixo "1 stop". Neste caso, já despachava as malas em Lisboa e só ia buscar em Barcelona, não era preciso fazer novo check-in no aeroporto de escala. Já era uma viagem com voos agrupados e não 2 voos em separado.
Isto não se trata de low-cost ou não. Se eu compro uma viagem de A para C, no B não faço nada, nem malas nem check-in. Se a companhia não vender A para C, tenho de comprar 2 voos: A para B e B para C. São 2 voos em separado, tudo funciona em separado. A vantagem das outras companhias, por exemplo a TAP, é que como é membro da Star Alliance conseguem-se comprar muitas viagens mesmo sem a TAP realizar os voos, porque depois somos encaminhados para alguma das outras companhias que são membros. Neste caso, mesmo que voe em companhias diferentes, só faz 1 check-in e as malas só serão levantadas no aeroporto de destino final.
A minha última viagem assim foi comprada à TAP Lisboa-Rhodes, mas fiz Lisboa-Frankfurt (TAP) + Frankfurt-Atenas (Lufthansa) + Atenas-Rhodes (Aegean). Despachei as malas em Lisboa e só fui buscar em Rhodes, sem ser necessário qualquer check-in ou outro procedimento entre as viagens, seguindo sempre pela zona de voos de ligação.
A Ryanair funciona independente, não está em nenhum grupo de companhias aéreas, mas já tem algumas opções com escala incluída (poucas, mas tem).
Relativamente ao aeroporto que vai usar, não sei se será o Frankfurt International ou o Frankfurt Hahn, uma vez que para Corfu tem as duas opções. O Frankfurt International é enorme, mas super bem organizado e certamente consegue fazer tudo sem grande problema. O outro não conheço, mas normalmente a Ryanair é rápida nos processos de malas e check-in.
Posso estar errado, mas esta é a minha interpretação deste caso e tentei ajudar da melhor forma.